Le monde dans lequel se déroule l'histoire se situe environ trois cents ans après le passage de Link et la disparition de Ganondorf. L'histoire du jeune Héros du Temps s'est transmise de générations en générations, mais son récit est resté bien flou et fut probablement transformé, cause des déformations des paroles.
Ces histoires raconteraient que le Malin aurait offert une partie de son pouvoir à un habitant du Crépuscule, avide de pouvoir et vengeance. Le futur héros, né à Toal, aurait voulu sauver des enfants du village, ce but ayant révélé son pouvoir divin, avec l'aide de la princesse du Crépuscule, qui aurait été victime d'une malédiction. Après moult péripéties, ce dernier aurait affronté l'élu du Malin, l'aurait terrassé après avoir fait subir le même traitement au seigneur du mal.
Au jour d'aujourd'hui, Hyrule vit en paix depuis ce moment, et tout semble aller pour le mieux. Zora, Goron et Hyliens se côtoient régulièrement et Hyrule est unifiée, soudée et paisible.
Pourtant, certains parlent de la résurrection du Malin, bien que rien n'appuie ces rumeurs.
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